Le Conseil d’administration du Conservatoire d’espaces naturels de Guyane définit les orientations stratégiques de l’association et prend les principales décisions relatives à son fonctionnement et à son développement.
Il est composé de trois collèges : le collège des membres individuels, le collège des membres gestionnaires d’espaces naturels protégés et le collège des membres associés. Le CEN Guyane poursuit actuellement la constitution de ce dernier collège.
Le Bureau assure quant à lui la mise en œuvre des décisions du Conseil d’administration et veille à la gestion courante de la structure. À ce titre, il est régulièrement mobilisé tout au long de l’année.